Episodio I, Grito rebelde

En este episodio controlamos a los Terran.

Luego de que la colonia Chau Sara fuera destruida por la raza alienígena Protoss (desconocida en ese momento) la confederación decide poner en cuarentena a la colonia más cercana, Mar Sara, y ordena al magistrado (el jugador) a trasladar a los colonos a zonas deshabitadas, con ayuda del comandante de la zona Jim Raynor. Pero también aquí los Terran se encuentran con una nueva raza, los Zerg. Luego de que varias plataformas espaciales fueran destruidas, los Zerg atacan una base Terran, y Raynor desobedece la orden de esperar refuerzos y ataca a los Zerg. Luego de destruir una instalación infestada, Raynor es puesto bajo arresto por el General confederado Edmund Duke. Luego, los Zerg realizan un ataque masivo sobre Mar Sara, y la milicia del planeta no tiene armas para combatirlos. Pero una alianza extremista, Los Hijos de Korhal, les ofrece evacuar a los sobrevivientes a cambio de unir fuerzas con ellos. Luego de varias misiones bajo el mando del jefe de Los hijos de Korhal, Arcturus Mengsk (en las cuales Raynor conoce a Sarah Kerrigan, un ghost (fatasma) que esta segunda al mando de Mengsk). Luego los Zerg atacan otra colonia, Antiga Prime, derribando la nave de Duke, Norad II. Mengsk ordena a Raynor salvar a Duke y a su tripulación, y a cambio Duke, muy a su pesar, une fuerzas con Mengsk. En Antiga Prime Mengsk, Raynor y Kerrigan descubren que los confederados fabricaron un dispositivo, el emisor psiónico, que podía atraer a los Zerg y llevarlos a donde se desee. Mengsk le revela a Raynor que Mar Sara y otros planetas fueron campos de prueba para dicho artefacto, y que por lo tanto la presencia Protoss se debía a la presencia Zerg. Mengsk decide utilizar los emisores para destruir el planeta capital de los confederados, Tarsonis. Cuando los Protoss llegan, él envía a Kerrigan a neutralizarlos, y después de hacerlo los Zerg atacan a la fuerza de Kerrigan, y Mengsk decide no rescatarla. Raynor se pone furioso por esto y decide abandonar a Los Hijos de Korhal, huyendo de Tarsonis. Por último, Mengsk busca sobre la superficie de Tarsonis una instalación capaz de interrumpir las comunicaciones Zerg, llamada disruptor psiónico, pero no tiene éxito.