Episodio II, Supermente

En este episodio controlamos a los Zerg.

La Supermente tiene un nuevo Cerebrado a su servicio que es el jugador. El jugador debe proteger la nueva cría de la Supermente: una crisálida. Con la ayuda de los Cerebrados Zasz y Daggoth que llamados por la Supermente deciden abandonar Mar Sara por que la crisálida ya podía ser transportada a Char , el planeta volcánico de los Zerg donde se enfrentaron a un grupo de Terran del Dominio. Cuando la crisálida maduró y se abrió, en su interior estaba la soldado fantasma llamado Sarah Kerrigan (Infectada por los Zerg) cuyo nombre fue cambiado por la Supermente a Kerrigan la Reina de Espadas, su mejor creación. Ella comenzó a destruir las colonias de Protoss y Terran en Char, lo que llevó al Alto Templario Tassadar a retirar fuerzas de Char. La Supermente logró llegar hasta Aiur donde arrasó con el Templo Protoss y demás zonas de importancia mientras Kerrigan se quedaba en Char exterminando los restos de invasores.