Episodio IV. La resistencia

En este episodio controlamos a los Protoss.

Después del sacrificio de Tassadar, los Zerg se encuentran gravemente desorganizados en el planeta nativo de los Protoss aunque siguen siendo muy numerosos. Excepto algunas fuerzas Protoss lideradas por Jim Raynor y el Pretor Fénix que permanecieron en Aiur contraatacando a los Zerg, el resto de los refugiados de la armada Protoss se retiró a Shakuras, el planeta de los Templarios Tétricos, utilizando un portal interdimensional a pesar de la negativa del Judicator Aldaris, antiguo líder del ahora devastado Cónclave.
De todas formas, a pesar de los esfuerzos de Raynor y Fenix, los Protoss son perseguidos por los Zerg hasta allí. Los Protoss y los Templarios Tétricos, con la asistencia de la matriarca de los Templarios Tétricos, Raszagal, aceptan a regañadientes unirse a las fuerzas Zerg de Sarah Kerrigan después de que ella explicara que es libre del control de la Supermente y que una nueva Supermente está creciendo en el planeta Char. Kerrigan les propone asesinarla antes de que alcance la madurez. A cambio, los Protoss piden un favor: recuperar dos cristales. Estos dos antiguos cristales, contienen los poderes de los Altos Templarios y de los Templarios Tétricos y deben ser recuperados para derrotar a los Zerg en Shakuras.
Los dos cristales son descubiertos y la Supermente es mutilada para frenar su crecimiento. Durante la batalla, una gran flota Terran del lejano Directorio de Unión Terrestre (DUT) interviene, y Aldaris, confundido aún por su alianza con la Reina de Espadas y la confianza que el Templario Tétrico deposita en ella, reune ayuda y declara la guerra a las fuerzas de Zeratul y al Templario Tétrico. Cuando Aldaris está a punto de revelar el porqué de su alianza, Sarah Kerrigan lo asesina y posteriormente ella es desterrada de Shakuras. Los dos cristales, imbuidos con el poder de los dos templarios son fusionados en el templo Xel'Naga de Shakuras. Las dos energías se unen y destruyen a todos los Zerg del planeta, salvando a los Protoss.