Episodio VI. La Reina de Espadas.

En este episodio controlamos a los Zerg.

Con la gran flota DUT controlando un número creciente de Zerg, Sarah Kerrigan se encuentra gravemente amenazada. Viéndose como una víctima y con el combinado Zerg-DUT como mayor enemigo (y después del concienzudo uso de amenazas y rehenes), Kerrigan y su nuevo aliado Samir Duran logran ayuda, aunque no con mucho agrado, del disperso Dominio Terran de Mengsk y de las fuerzas Protoss que permanecieron en Aiur y no viajaron a Shakuras, lideradas por Raynor y Fénix. Esta alianza consigue reconquistar el desierto de Korhal del control del DUT gracias a su supuesto trato con el emperador Mengsk, pero después de conseguir la victoria, Kerrigan se vuelve en contra de cada uno de sus aliados uno a uno, resultando muertos Fénix y el general Edmund Duke.
Seguidamente, las fuerzas de Kerrigan llegan al planeta originario de los Templarios Tétricos, Shakuras, y consiguen capturar a la matriarca, Raszagal. Con la matriarca como prisionera, Kerrigan persuade a Zeratul para que la ayude a destruir la Supermente controlada por el DUT. La Supermente es asesinada por el templario tétrico y Kerrigan obtiene el control absoluto sobre el enjambre Zerg. Antes de la desaparición de la Supermente se descubre que Raszagal ha sido infectada por Kerrigan, incluso antes de la llegada de Zeratul a Shakuras, y que ha sido utilizada como un simple señuelo de Kerrigan todo el tiempo (cosa que sospechó Aldaris antes de ser asesinado por Kerrigan). Esto obliga a Zeratul a asesinar a Raszagal delante de sus narices. Después de todo esto, Kerrigan derrota a los Protoss, al DUT y la flota del Dominio Terran en una batalla épica singular y se consagra como la fuerza dominante del Sector Koprulu.
Antes de la gran batalla de este capítulo, Samir Duran desaparece misteriosamente para el enfado de Kerrigan. Ella no lo sabe pero el jugador puede llegar a saberlo en un escenario secreto llamado "Orígenes oscuros". La alianza de Samir Duran con Kerrigan fue otro engaño de él. Secretamente, Duran ha estado realizando experimentos para crear híbridos Zerg/Protoss y sus instalaciones se encuentran repartidas por la zona. Además, él es descubierto por Zeratul y el resto sus fuerzas dispersas. Samir Duran revela que está trabajando en la creación de una nueva fuerza todavía sin nombre. Advierte a Zeratul que el híbrido que ha descubierto es uno de tantos y que llevará sus experimentos hasta el final.